El edificio más grande era el de la esquina sudoeste. Estaba construido con bloques de piedra bien moldeados, dispuestos en hileras regulares y niveladas. Por los restos que aún quedan, se deduce que las paredes estaban recubiertas en la parte exterior con losas de piedra parecidas al mármol y algunas aún conservan las incisiones para sus motivos decorativos. Desde una terraza de la parte este, una monumental escalinata llevaba a través de un pórtico imponente hacia el edificio principal. El pórtico estaba flanqueado por dos columnas cilíndricas, algo de lo más inusual en América del Sur, que, junto con unos bloques de piedra verticales, daban soporte a un dintel horizontal de más de 9 metros, hecho con un solo bloque. Más arriba, otra monumental escalinata doble llevaba a la parte superior del edificio. Estaba construida con piedras perfectamente talladas y moldeadas, que recuerdan a las de las grandes pirámides de Egipto. Las dos escalinatas llevaban a la parte superior del edificio, donde los arqueólogos han descubierto los restos de dos torres.

La terraza oriental, que forma parte de la plataforma sobre la que se construyó este edificio, llevaba a una plaza a la que se accedía a través de unos escalones ceremoniales y que estaba rodeada en tres de sus lados por plataformas rectangulares. Justo por la parte externa de la esquina sudoccidental de esta plaza  y perfectamente alineado con las escalinatas del edificio principal y su terraza, había un gran peñasco plano, con siete agujeros y una hornacina rectangular.

Por dentro de las tres estructuras discurrían pasillos y pasadizos laberínticos, entremezclados con galerías, habitaciones y escaleras. Algunos de los pasadizos no tenían salida, lo que acrecentaba la sensación laberíntica, y algunas de las paredes de las galerías se recubrieron con losas lisas, delicadamente decoradas. Todos los pasadizos están techados con losas de piedra que se colocaron con tan gran habilidad y que han soportado el paso de los milenios. Hay hornacinas y salientes sin propósito aparente, así como conductos verticales que los arqueólogos creen que podrían haber servido para la ventilación.

¿Para qué se construyó Chavín de Huantar? Sus descubridores creen que fue un centro religioso, una especie de Meca de la antigüedad. Esta idea se vio potenciada por el descubrimiento de tres enigmáticas reliquias. Una de ellas, que desconcierta por sus complejas imágenes, la descubrió Tello en el edificio principal y se le ha dado en llamar el Obelisco de Tello. En sus grabados se puede observar una gran cantidad de cuerpos y rostros humanos, con garras felinas o alas. Hay animales, pájaros, árboles, dioses que emiten rayos que parecen cohetes y gran variedad de diseños geométricos. ¿Sería un tótem que servía para el culto, o la tentativa de un antiguo artista por transmitir los mitos y leyendas? Nadie ha podido dar hasta el momento una respuesta.

 Hay una segunda piedra tallada a la que se ha dado en llamar el Monolito de Raimondi, por el arqueólogo que lo descubrió en un terreno cercano. Se cree que en un principio se elevaba en la parte superior del peñasco del extremo suroccidental de la plaza, en línea con la monumental escalinata. En la actualidad, se exhibe en el museo de Lima.

El artista grabó sobre esta columna de granito de casi dos metros y medio de altura la imagen de una deidad que sostiene un arma, que algunos creen que es un rayo. Aunque el cuerpo y las extremidades de esta deidad son esencialmente antropomórficos, el rostro no lo es. El rostro desconcierta a los expertos porque no representa a ninguna criatura de la región, sino que parece ser la idea del artista de lo que los expertos han dado en llamar un animal mitológico. Sin embargo hay quienes opinan que el rostro de la deidad es el de un toro, animal completamente desconocido en Sudamérica, pero que aparece mucho en la tradición y en la iconografía del Oriente Próximo de la antigüedad. Curiosamente el toro era el animal de culto del dios Adad  y la cordillera que atraviesa sus dominios en Asia Menor todavía recibe el nombre de Montes de Tauro.

El tercer descubrimiento consiste en una extraña y enigmática columna de piedra grabada en Chavín de Huantar,  que recibe el nombre de El Lanzón. Se descubrió en el edificio del medio y ha permanecido allí porque su altura excede los tres metros de altura de la galería en donde se eleva. Así, el extremo superior del monolito sobresale del suelo en el nivel superior a través de una abertura cuadrada cuidadosamente tallada. La imagen que aparece en este monolito ha sido objeto de muchas especulaciones, ya que también parece representar el rostro de un toro. ¿Quiere esto decir que quien erigió este monumento adoraba al dios Tauro?

En general, fue el alto nivel artístico de los objetos lo que más impresionó a los expertos y les llevó a considerar la cultura chavín como la cultura matriz del Perú norte y central, y a creer que aquel lugar era un centro religioso. Pero recientes descubrimientos en Chavín de Huantar hacen pensar que su fin no era religioso, sino funcional. En las últimas excavaciones apareció toda una red de túneles subterráneos tallados en la roca viva que formaban una especie de panal por todo el emplazamiento, tanto debajo de las zonas construidas como de las no construidas, y servía para conectar varias series de compartimientos subterráneos dispuestos en cadena.

Las aberturas de los túneles dejaron perplejos a sus descubridores, pues parecían conectar los dos ríos que discurren a los lados de este yacimiento arqueológico; uno, debido al terreno montañoso, por encima de él, y el otro en el valle de abajo. Algunos exploradores han sugerido que estos túneles se construyeron así con el fin de controlar los desbordamientos, para canalizar las riadas de las montañas en la época del deshielo y hacer correr el agua por debajo de los edificios. Pero, si hubiera un peligro de inundación, sobre todo tras unas fuertes lluvias, más que por el deshielo, ¿por qué motivo levantaron sus edificios en tan vulnerable lugar?

Se cree que lo hicieron a propósito y que, ingeniosamente, utilizaron los diferentes niveles de los dos ríos para crear un flujo potente y controlado de agua, con el fin de utilizarla en los procesos que se llevaban a cabo en Chavín de Huantar. Pues allí, como en otros muchos lugares, estos dispositivos de flujo de agua se utilizaban para la criba de oro.

Nos encontraremos con más de estas ingeniosas obras hidráulicas en los Andes. Ya las vimos, de forma más rudimentaria, en los asentamientos olmecas. En México, había lugares con complejos terraplenes; y en los Andes grandes emplazamientos, como el de Chavín de Huantar o rocas talladas y modeladas con increíble precisión, como  éstas en la zona de Chavín, que parecían estar pensadas para algún tipo de maquinaria ultramoderna desaparecida hace mucho tiempo.

De hecho, fue el trabajo con la piedra de los objetos artísticos el que parece proporcionar una respuesta a la pregunta de quiénes fueron los habitantes de Chavín de Huantar. Las habilidades artísticas y los estilos escultóricos de la piedra recuerdan sorprendentemente el arte olmeca de México. Entre otros fascinantes objetos se encuentra un receptáculo con forma de jaguar-gato, un toro-felino, un cóndor-águila, un cuenco con forma de tortuga, gran cantidad de vasijas y otros objetos decorados con jeroglíficos hechos con colmillos entrelazados, un motivo que decora tanto las losas de las paredes como los objetos. Sin embargo, también había losas de piedra decoradas con motivos egipcios, tales como serpientes, pirámides y el sagrado Ojo de Ra. Y también había fragmentos de bloques de piedra grabados que mostraban motivos mesopotámicos, como las deidades dentro de los discos alados  o imágenes de dioses que llevan tocados cónicos, que identifican claramente a los dioses en Mesopotamia.

Las deidades que portan tocados cónicos tienen rasgos faciales de aspecto africano, y el hecho de haber sido grabados en huesos indicaría que se trata de las más antiguas representaciones artísticas de este lugar. ¿Es posible que en época tan temprana hubiera africanos en este lugar de Sudamérica? La respuesta es que sí que hubo negros africanos en esta zona, concretamente en un lugar llamado Sechín, en la que dejaron como recuerdo sus retratos. En todos estos lugares hay docenas de piedras grabadas que llevan imágenes de esta gente; en la mayoría de los casos, se les puede ver sosteniendo algún tipo de herramienta y, en muchos casos, se representa al ingeniero relacionado con un símbolo de obras hidráulicas.

En los lugares costeros que llevan a los emplazamientos chavín en las montañas, los arqueólogos han encontrado cabezas esculpidas que debieron de representar a los visitantes semitas. Una de ellas era tan increíblemente similar a las esculturas asirías que su descubridor, H. Ubbelohde-Doering, la apodó el  Rey de Asiría. Pero no está claro que estos visitantes hubieran llegado a los emplazamientos de las montañas, al menos no con vida, ya que se han encontrado cabezas de piedra esculpidas con rasgos semitas en Chavín de Huantar, pero la mayor parte de ellas muestran muecas grotescas o mutilaciones y están clavadas como trofeos en las murallas que rodean el lugar.