El sacrificio humano incaico difería sustancialmente del mesoamericano, ejecutado contra la voluntad de la víctima, con el fin de beber su sangre y asumir su poder. En cambio, en el imperio incaico las víctimas sacrificadas eran conscientes de su destino, sabían que iban hacia la muerte, pero aceptaban su futuro y estaban orgullosas de él, pues estaban totalmente convencidas, según su manera de pensar, de que iban a morir por el bien de la comunidad.
En idioma quechua, la palabra capacocha proviene de “quapac” (poder real) y “hucha”, que puede traducirse como caos, desorden, pecado. Por tanto, la traducción podría ser: acción del poder real para restablecer el orden o para anular el caos y el desorden.
Por lo general, un miembro de la comunidad entregaba a su hijo bello, inocente y no mayor de 13-14 años al Inca, en Cusco. Los “curacas”, sacerdotes pertenecientes a la élite religiosa, dirigían la ceremonia. A cambio de este acto, el Inca entregaba al padre algunas propiedades de tierras y poderes considerados mágicos, los cuales permitirían al sujeto en cuestión continuar generando vida y alimento en la Madre Tierra.
Una vez que el Inca daba su consentimiento, se iniciaba el largo viaje que llevaría al niño elegido, a sus padres y a los curacas al lugar donde se efectuaría el sacrificio, que normalmente era una montaña de nieves perpetuas.
 De esta manera, el capacocha se convertía en un rito fundamental para la sociedad incaica, pues se creía que podía restablecer el equilibrio que, por razones naturales o a causa de errados comportamientos humanos, se había roto.
Comúnmente, en los lugares donde se ejecutaba el sacrificio humano, se ponían también algunos objetos particularmente importantes, llenos de significados tradicionales, como por ejemplo joyas de oro, plata y bellísimas conchas marinas.
Hasta hoy se han encontrado alrededor de 20 cadáveres momificados de niños que fueron sacrificados utilizando diferentes métodos: sofocación, envenenamiento o un golpe seco de macana (chaska chuqui en idioma quechua) en la nuca. Algunos, en cambio, previamente drogados, se abandonaban en la cima de la montaña, donde luego de pocas horas morían de frío.
Aunque hay evidencias de que se encontraron, en 1896 y 1898 (Cerro Chachani, sur del Perú), 1905 (Chañi, Salta, Argentina) y 1922 (Chusca, Salta, Argentina), momias de niños sacrificados, el primer hallazgo arqueológico de este tipo que fue documentado fue el del Cerro del Plomo (Chile central) en 1954, donde Guillermo Chacón y su equipo descubrieron el cuerpo momificado de un joven.
A partir de los estudios efectuados en el cuerpo de la momia se dedujo que el niño murió por congelamiento. Las exploraciones en la cima del Cerro del Plomo (5424 metros) sacaron a la luz una plataforma ceremonial circular de nueve metros de diámetro y tres construcciones rectangulares utilizadas como urnas funerarias.
En 1963 y 1965, José Antonio Chávez y Johan Reinhard encontraron en la cima del Pichu Pichu (5664 metros) los cuerpos momificados de tres niños que fueron sacrificados. Sucesivamente hubo otros hallazgos (El Toro, Argentina, Juan Schobinger), Coropuna (sur del Perú), Quehuar (Argentina), Esmeralda (norte de Chile), Aconcagua (Argentina, Juan Schobinger), pero el más importante fue el de 1995, cuando Johan Reinhard y Miguel Zarate encontraron en el volcán Ampato (6288 metros sobre el nivel del mar, sur del Perú) el cuerpo momificado de una niña que se llamó “la momia Juanita”.
Juanita era una joven perfectamente sana de aproximadamente 13 años, quien fue sacrificada con un golpe seco de macana probablemente entre 1450 y 1530, durante el reino de Pachacutec Inca Yupanqui. Luego de profundos estudios sobre el ADN de los tejidos de la momia, se pudo comprobar que Juanita descendía de pueblos meso-americanos, pues tenía afinidades genéticas con la etnia Ngäbe de Panamá. Actualmente, el cuerpo momificado de Juanita se encuentra en el Museo Santuario de Altura de Arequipa.
En 1996, Reinhard y Chávez encontraron el cuerpo momificado de otra niña en el Sara Sara (montaña del sur del Perú). En 1998, hubo otro hallazgo en el volcán Misti (5822 metros sobre el nivel del mar, en Arequipa). En esta ocasión, Reinhard y Chávez descubrieron unos 6 cuerpos momificados.
El último hallazgo importante tuvo lugar en 1999 en el volcán Llullaillaco (frontera Argentina-Chile; altura de 6739 metros sobre el nivel del mar), donde Johan Reinhard y Constanza Ceruti encontraron tres cuerpos momificados de niños. Uno de ellos fue hallado bajo una plataforma ceremonial rectangular de 10 x 6 metros, en una pequeña habitación subterránea. El cuerpo momificado del niño, adornado con una brillante túnica roja, estaba en posición fetal. Los otros dos cuerpos momificados, pertenecientes a niñas, fueron descubiertos en los alrededores.
Luego de que los cuerpos momificados fueran sometidos a análisis, se comprobó que su estado de conservación era excelente. Los tres niños murieron lentamente después de haber quedado inconscientes. Algunos restos de hojas de coca halladas en la boca de los niños y evidencias de cocaína en sus cuerpos testimonian que fueron drogados. En las cercanías de los cadáveres se encontraron decenas de estatuillas antropomorfas y otros objetos ofrendados.